Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Ρόδου, ανήκει στο Δήμο Πεταλούδων και λειτουργεί από το 2001 σε ιταλικό οικοδόμημα του 1930. Αποτελεί σημαντικό κέντρο περιβαλλοντικής έρευνας, εκπαίδευσης και ευαισθητοποίησης και συμβάλλει στην τουριστική ανάπτυξη του βιότοπου της Κοιλάδας των Πεταλούδων. Στις βιτρίνες του Μουσείου εκτίθενται σπάνια είδη πεταλούδας της περιοχής και του ευρύτερου ελλαδικού χώρου, ταριχευμένα πτηνά και ζώα, ορυκτά και πετρώματα. Στο Μουσείο λειτουργεί βοτανολογικό, εντομολογικό εργαστήριο και βιβλιοθήκη. Στο κήπο διατηρείται εκκολαπτήριο πεταλούδων, σε ειδικό θερμοκήπιο, όπου αναπαράγονται ζωντανές πεταλούδες.